İlk bölümüyle seyirciyi ekrana kilitleyen Muhteşem Yüzyıl Kösem, ikinci bölümünde taht kavgasının acı yüzü, genç yaşta Padişah olan Ahmed'in aşkı, kardeşini ölümden kurtarması, Safiye Sultan'ın oyunları diziye damgasını vurdu. Sultan Ahmed'in kardeşinin ölüm fermanı sahnesi ise yürekleri dağladı.Muhteşem Yüzyıl Kösem'de Safiye Sultan ile ve Sultan Ahmed arasındaki iktidar savaşı dizinin gerilimini artırdı. Şehzade Mustafa’nın saraydan kaçırılması herkesi şaşırttı. Ahmed tablona gördüğü Anastasia'ya aşkına inandırmayı çalışırken, Anastasia saraydan kaçma planlarını sürdürdü, kalbi ise yumuşamaya başladı. Henüz 14 yaşındayken babasının ani ölümüyle tahta çıkan Sultan Ahmed'in genç omuzlarında koca bir cihan imparatorluğunun yükü bir yanda dururken, diğer taraftan taht kavgasıyla uğraşmaya başladı. Genç sultan içeride isyanlar, dışarıda değişen güç dengeleri, sarayın içerisinde çıkar çatışmaları, tahta göz dikilmesi, Safiye Sultan'ın oyunları, kardeş katli hepsiyle mücadele etmek zorunda kaldı. KARDEŞİ MUSTAFA KIYAMADIŞehzade Mustafa'nın katline karar veren Sultan Ahmed'in kararı vicdanını sızlatmaya başladı. Odasının balkonunda Mustafa'nın katlini düşünen Ahmed, gelgitler yaşarken içerisine düşen endişe, küçük bir çoğun öldürülmesi kor gibi içini yakmaya başladı. Cellat zindanda tutulan Mustafa'yı boğarak öldürmeye geldiği an yaşanan sahne ise yürekleri dağladı. Küçük çoğun ve annesinin feryatları her tarafı inletti. Ahmed, Şehzade Mustafa tam boğularak öldürüleceği sırada koşarak zindana geldi ve kardeşini kurtardı. Sarıldı, kardeşi gözyaşı döktü. Yaşanan dram sonrası annesine teslim edilen Mustafa, abisinin kucağından indi. Ahmed son uyarısını da yaptı. 'Bir hatanızı görünsem canınızı alırım' diyerek uyaran Ahmed odasına çıktı. Yatağına oturarak Anastasia içini döktü. 'Kardeşime kıyamadım, kardeş katili olmayacağım. Senin de karin bu saray' diyerek ruh halini anlatan Sultan Ahmed, yeni bir serüvenin kapılarını açtı.
SAFİYE SULTAN YENİ OYUNLARA HAZIRLANIYOR Mustafa'nın katlinin durdurulmasının ardından 4 bin altın hazırlattı. Sipahi ve Yeniçeri Ocakları'ndaki ağalara dağıtılmasını isteyen Safiye Sultan, ocakların kaynatılarak herkese dağıtılmasını istedi. Gücünü göstermek, sipahi ve yeniçeri ocaklarındaki ağarı yanında görmek isteyen Safiye Sultan, 'Ahmed bizi sürgün etmenin bedelini ödeyecek" diyerek yeni bir savaşın kapılarını araladı.HANEDANIN DÜŞMANLARI KİM Sultan Ahmed tahta geçtiğinde Osmanlı tahtının kendisi haricinde bir veliahtı kaldı. Onun zamanında kaldırılacak olan kardeş katli geleneği nedeniyle hanedanda erkek çocuk neredeyse kalmadı. Bu durumu kendileri için bir fırsat bilen Giray kardeşler gözünü tahta dikti. Geleneğe göre Kırım Hanlığı’nın hanzadeleri tahta çıkmadan önce İstanbul'da tutuluyor. Bir esir hayatına benzeyen bu sürecin sonunda Osmanlı hükümdarının kararına göre Kırım Hanlığı’nın başına geçiyorlardı. Mehmet ve Şahin Giray kardeşler buna bir son vermeye kararlı olmalı yeni düşmanlıklar oluşmasına neden oluyor.
SAFİYE SULTAN YENİ OYUNLARA HAZIRLANIYOR Mustafa'nın katlinin durdurulmasının ardından 4 bin altın hazırlattı. Sipahi ve Yeniçeri Ocakları'ndaki ağalara dağıtılmasını isteyen Safiye Sultan, ocakların kaynatılarak herkese dağıtılmasını istedi. Gücünü göstermek, sipahi ve yeniçeri ocaklarındaki ağarı yanında görmek isteyen Safiye Sultan, 'Ahmed bizi sürgün etmenin bedelini ödeyecek" diyerek yeni bir savaşın kapılarını araladı.HANEDANIN DÜŞMANLARI KİM Sultan Ahmed tahta geçtiğinde Osmanlı tahtının kendisi haricinde bir veliahtı kaldı. Onun zamanında kaldırılacak olan kardeş katli geleneği nedeniyle hanedanda erkek çocuk neredeyse kalmadı. Bu durumu kendileri için bir fırsat bilen Giray kardeşler gözünü tahta dikti. Geleneğe göre Kırım Hanlığı’nın hanzadeleri tahta çıkmadan önce İstanbul'da tutuluyor. Bir esir hayatına benzeyen bu sürecin sonunda Osmanlı hükümdarının kararına göre Kırım Hanlığı’nın başına geçiyorlardı. Mehmet ve Şahin Giray kardeşler buna bir son vermeye kararlı olmalı yeni düşmanlıklar oluşmasına neden oluyor. 
